MacMolPlt [German]

Originalartikel wurde veröffentlicht von Brett Bode

MacMolPlt


MacMolPlt ist:

  • Ein modernes Grafikprogramm für Malen von 3-D molekularen Strukturen und Normalregimen (Vibrationen). Modern heißt hier:
    • Mausgelenktes Interface für rechtzeitliche Rotation und Übersetzung.
    • Möglichkeit aus/in anderen Grafikprogrammen auszuschneiden und einzusetzen (z.B. ChemDraw).
    • Resultate sind einfach auszudrucken auf schwarz-weißen und Farbedrucker (hoehe Druckqualität).
    • Möglichkeit meherere Files gleichzeiting geöffnet zu haben.
  • MacMolPlt liest unterschiedliche Formate inklusive GAMESS. Man kann log in, Informationen oder IRC Files eingeben und eigentlich Animationen IRC, DRC, und Optimisationen schaffen. Sie können auch $VEC Gruppe aus beliebigem File importieren (z.B. GAMESS .DAT file). MacMolPlt  unterstützt auch xMol XYZ files, Format MolDen und Sprache Chemical Markup (CML). Dazu is Unterstützung von Files  PDB und MDL MolFile eingeschlossen.
  • Molekulargruppensymmetrie ist unterstützt.
  • Man kann auch kartesianische Koordinatenstile GAMESS und Gaussian-92 direkt ins Programm einsetzen.
  • Animation und Normalregime.
  • Animation IRC und DRC mit Orbitralen.
  • Einfache energetische Diagrammen  (darunter auch geometrische Parameter).
  • Lineales Schaubild einfacher Frequenz oder der Frequenz gegesätzlicher der infraroten oder Ramanstrahlung. 
  • Man kann meherere GAMESS files vereinigen, um eine Ganzanimation zu bilden.
  • Molekeln mit Hilfe von grafischem Instrument für Molekelnbauen bilden und umarbeiten.
    • Schnell eine 3D Struktur einer realen Molekel bilden.
    • Gewählte Atome rotieren, Zusammenhänge und dihedrale Winkel.
    • Gewählte Untergruppen übersetzen und drehen.
  • Molekeln mit Hilfe kartesianischer und innerer Koordinate bilden
  • 2D Abbildung von orbitraler, gemeinsamer Elektronendichte auf einer Umrißkarte  
  • 3D Abbildung von orbitraler, gemeinsamer Elektronendichte
  • Dichteunterschiedekarten
  • Karten von Potential molekulerer Elektrostatik
  • Einfaches GAMESS Instrumenteninput
  • 3D Bilder in Farbe und mit Beleuchtung, Schatten mit Hilfe von OpenGL unter MacOS X.

Unten sind einige Beispiele, die eben in MacMolPlt gemacht wurden:
Eine einfache Abbildung von Molekeln mit tags und Linkwinkelzeichen:

annotation

Wasser mit Operatoren C2v.

c2v

Vectors

Quinone mit gefärbten Gesamtelektronendichtefläche und Wert von Potential molekulerer Elektrostatik.

Surface


Distributiven:

MacOS X:

MacMolPlt 7.4.2 für MacOS X 10.3 und später auf  PowerPC oder Intel processors (Universal binary) (5.9M )

MacMolPlt 7.4.2 für MacOS X 10.4 und später auf PowerPC oder Intel processors (Universal binary) mit Unterstützung von quad-buffered OpenGL (8.8M )

Der einzige funktionale Unterschied zwischen diesen zwei Binaren ist das die späteren Versionen unterstützen Stereodisplay, funktionieren aber nicht auf OS X 10.3. Meistens entscheiden sich User für den ersten Binar, da es auf wx 2.9 immer noch kleine ungelöste Probleme bleiben.

Linux:

Source distributiv ist hauptsächlich auf Linux orientiert: wxmacmolplt 7.4.2 (1.8M)

Mit Fragen wenden Sie sich auf die support Seite Linux.

Windows:

  • Meistens muss man dises Instalatienpaket nutzen Windows MacMolPlt 7.4.2 für Windows (4.7M)
    Man muss das Paket downloaden und Computer neustarten, um MacMolPlt zu installieren.
  • Wenn es Ihnen nicht gelingt das programm auf Ihrem System zu installieren, nutzen Sie das Archiv plain zip archive. Wenn der File  wxMacMolPlt.exe sich nicht öffnet und berichtet, dass die Konfiguration falsch ist, installieren Sie die Workbibliotheken VS8. Den File einfach hier öffnen.
  • Instrumente Windows müssen quad-buffered OpenGL unterstützen.

Diese Files enthalten die laufende Version von  MacMolPlt und ein Lehbuch (in html format).

Liste der möglichen Fragen.

Abbonement  für Versendung über neue Versionen von MacMolPlt. Diese Liste wird verbesserd und Sie bekommen nur Informationen über neuen Reliesen.

Fragen und Kommentare. Bitte nutzen Sie Fragebogen. vergessen Sie nicht Ihre Eßmailadresse einzugeben, falls Sie eine Antwort erwarten.

Um eine Version von MacMolPlt für MacOS 9 oder MacOS X 10.2 und früher zu bekommen, können Sie verwenden originelles MacMolPlt.

Anmerkung:

MacMolPlt ist ein kostenloses Programm, aber falls Sie das Programm rennen, bitte schicken Sie  mir einen Brief, über was Ihnen gefallen hat, was nicht (und was nicht zu gefallen ist;-).

Wenn Sie MacMolPlt für eine Publikation verwenden, die Referenz ist:

Bode, B. M. and Gordon, M. S. J. Mol. Graphics Mod., 16, 1998, 133-138.

ok ok

Brett Bode
Author

 
National Center for Supercomputing Applications at the University of Illinois